Amberによる生体高分子シミュレーション入門
目次
1 分子動力学法の原理と生体高分子用分子動力学シミュレーションパッケージAmberの概説(分子動力学法とは?;分子動力学シミュレーションはどのような原理に基づいているか―ニュートンの運動方程式;原子どうしに働く力はどう決まっているか―力場 ほか)
2 Amberで生体高分子のシミュレーションを行う―Amberチュートリアル(まずはAmberを使ってみる―インスタントプロトコル;核酸のモデリングとシミュレーション―nucgenとxleapを使って;Amberで用意されていない分子の残基表現ファイルを作成する―antechamberの使い方 ほか)
3 Frequently Asked Questions(FAQ)(力場パラメーターの設定に関して;PDBファイルの読み込みに関わるトラブルについて;トラジェクトリーファイルの解析について ほか)